Kot so zapisali v Agenciji za energijo, s predlogom zakona sploh niso bili seznanjeni in pri njegovem nastajanju niso sodelovali, niti niso bili pozvani k podajanju mnenj, predlogov ali pripomb. Predlog zakona so od resornega ministrstva prejeli zelo pozno, rok za posredovanje pripomb pa je bil prekratek. V Agenciji ob tem še poudarjajo, da je načrtovano združevanje več neodvisnih agencij pod eno streho tudi v nasprotju z evropskim pravom in tako energetskemu trgu kot odjemalcem ne prinaša nobenih koristi. Po njihovem mnenju predlog zakona tudi ne vsebuje nobene finančne ali druge analize, ki bi dokazovale smotrnost oziroma nujnost takšnega združevanja. Ravno nasprotno, združevanje tako obsežnih in po vsebini nezdružljivih področij bi v praksi povzročilo še dodatne stroške in bi pomenilo dodatno podaljševanje postopkov odločanja in večjo birokratizacijo.
V očitnem nasprotju z enim temeljnih vidikov neodvisnosti sektorskih regulatorjev, kot jih naslavljajo evropske direktive, je tudi morebitni cilj pripravljavcev zakona o zmanjševanju števila zaposlenih, saj se poleg popolne neodvisnosti od kakršnihkoli javnih ali zasebnih interesov za učinkovito delo regulatorjev zahteva, da lahko sami odločajo o tem, koliko človeških in finančnih virov potrebujejo za uspešno in učinkovito opravljanje svojih nalog.
Kot poudarjajo na Agenciji, je energetika ena izmed pomembnejših gospodarskih panog države, ki je v javnem interesu. Na tem trgu vlada veliko različnih interesov, še posebej v obdobju, ko se celotna energetika preoblikuje in, ko bomo morali najti najboljše rešitve za stroškovno učinkovit prehod na podnebno nevtralno družbo. Hkrati je značilnost trga z energijo ta, da so skoraj vsi udeleženci trga, še posebej tisti, ki upravljajo z omrežji in jih tudi stroškovno regulira agencija, v lasti države. Zato mora regulator s svojim nepristranskim delovanjem in neodvisno od kakršnihkoli političnih ali zasebnih interesov uravnavati interese vseh deležnikov na trgu, vzpostavljati zaupanje v trg in skrbeti, da bo odjemalcu zagotovljena zanesljiva, okolju prijazna in cenovno dostopna energija.
Navedeno združevanje bi po mnenju Agencije pomenilo zmanjševanje stopnje neodvisnosti, še več, predlagane določbe o upravljanju in nadzoru, kar vključuje tudi imenovanje in razreševanje vodstva, so celo v nasprotju z evropskim pravom. Energetski regulatorji so bili v prvi vrsti ustanovljeni z namenom, da bodo njihove odločitve neodvisne od ekonomskih in političnih interesov. Ker ima država, vsaj potencialno, ekonomske ali politične interese, mora biti energetski regulator neodvisen tudi od vlade. Na področju energetike je zato v evropskih direktivah (2009/2/ES, 2009/73/ES in tudi 2019/944) eksplicitno zapisano, da je dovoljen samo parlamentarni in sodni nadzor nad energetskim regulatorjem, kar je v Sloveniji že pravilno urejeno. Če bo prišlo do navedenega združevanja, vsaj na področju energetike tvegamo nepravilen prenos evropskih direktiv v naš pravni sistem in posledično tožbo evropske komisije pred sodiščem EU.
V Agenciji, ki med drugim regulira trg z električno energijo in zemeljskim plinom, nadzoruje veleprodajni trg in finančne transakcije na tem trgu, spremlja delovanje maloprodajnega trga in vpliva na končno ceno oskrbe z energijo, še izpostavljajo, da večja ko je neodvisnost, boljše deluje trg, večje je zaupanje odjemalcev oziroma potrošnikov v trg, več je koristi za posameznike in družbo kot celoto, za doseganje teh pa si moramo še posebej prizadevati prav v obdobju prehoda na čisto energijo.