Natura 2000 je ekološko omrežje posebnih varstvenih območij za dolgoročno zaščito najpomembnejših in najbolj ogroženih vrst in habitatnih tipov v Evropi. Predstavlja glavno politično iniciativo varovanja narave v Evropski uniji. Pravno temelji na dveh evropskih direktivah, in sicer na Direktivi o pticah, ki je bila sprejeta leta 1997, ter Direktivi o habitatih, ki je bila sprejeta leta 1992. Na podlagi omenjenih direktiv mora vsaka država članica določiti pripadajoča posebna varstvena območja na svojem ozemlju. Slovenija je to storila ob vstopu v Evropsko unijo leta 2004, ko je bilo omrežje Natura 2000 vzpostavljeno na dobrih 37 % državnega ozemlja.
Na območju spodnje Save najdemo kar nekaj območjih Nature 2000 na vplivnem območju obstoječih HE Boštanj, HE Arto – Blanca, HE Krško in HE Brežice. Na vplivnem območju načrtovane HE Mokrice je Natura 2000 razglašena za območje Krke s pritoki, območje Krakovskega gozda – Šentjernejskega polja ter za območje spodnje Save od sotočja s Krko do državne meje s Hrvaško.
Zaradi navedenega je bila v postopku umeščanja v prostor in se v postopku pridobivanja okoljevarstvenega soglasja za HE Mokrice s pripadajočo infrastrukturo posveča prav posebna pozornost ugotavljanju vpliva ter določanju omilitvenih oziroma izravnalnih ukrepov. Poleg vsebinsko in zakonodajno zahtevnih ter časovno dolgotrajnih postopkov, ki so poleg številčnosti deležnikov, obsežnih in zahtevnih usklajevanj, predstavljali poseben izziv, se območje posega prekriva z območji Nature 2000. Gradnja HE Mokrice in pripadajoče infrastrukture predstavlja eno izmed prvih novo grajenih velikih hidroelektrarn v Evropi, ki se umeščajo v območje Natura 2000. Pri načrtovanju rešitev so ravno zato k sodelovanju povabili širok krog deležnikov, ki so s svojimi rešitvami in konstruktivnimi predlogi še dodatno pomagali izboljšati načrtovan projekt. S strokovnim, skrbnim ter odgovornim pristopom se da poiskati sinergijske učinke in načrtovati funkcionalne ter celovite projektne rešitve, s katerimi se ohranja biotska raznovrstnost zadevnega območja ob istočasni izvedbi HE s pripadajočo infrastrukturo.
Dober primer tovrstnega pristopa pri gradnji HE Mokrice in pripadajoče infrastrukture so načrtovane sonaravne ureditve za ohranjanje rečnega ekosistema na območju izlivnega dela reke Krke in sotočja s Savo. Ureditve zajemajo prodišče s posameznimi skalnimi osamelci na dnu reke Krke, razširitev reke s sonaravnimi ureditvami, vključno s pasom kotanj in drstišč, vzpostavitev prehodnosti obstoječih pragov v Krški vasi ter kamnito drčo na sotočju Krke in Save. Njihova izvedba bo povečala površine, primerne za drst večine rib, prav tako pa bo povečana površina habitata za ribji zarod, mladice kot tudi za odrasle vrste rib.
Spremembe v naravi so edina stalnica in ne smemo se jih bati, temveč sprejeti, hkrati pa v medsebojnem dialogu iskati rešitve, ki bodo zasledovale principe trajnostnega razvoja. Poslanstvo družbe HESS je prizadevanje za razvoj zelenega okolja, kar dokazujejo z že izvedenimi večnamenskimi ureditvami prostora ob reki Savi.