NEK kljub nizkim pretokom reke Save in visokim temperaturam ozračja (podatki so na spletni strani: https://www.nek.si/aktualni-podatki) obratuje s polno močjo in v skladu z upravnimi omejitvami, zato je izkoristek elektrarne nekoliko slabši. Pomembna je tudi dobra koordinacija vodnega režima s pomočjo hidroelektrarn na Savi. Vodo reke Save NEK uporablja za odvajanje toplote, ki je ni mogoče koristno izrabiti za proizvodnjo električne energije in je potreben za hlajenje kondenzatorja – terciarni krog. Ker bi segrevanje savske vode lahko vplivalo na biološke lastnosti reke Save, upravne omejitve določajo dovoljen prirastek temperature in delež odvzetega pretoka. Hladilni stolpi se vključijo vsakič, ko to zahtevajo razmere v okolju. V izjemno neugodnih vremenskih razmerah je treba znižati moč elektrarne.
Zaradi zmanjšanja odvisnosti hlajenja elektrarne od pretoka Save je NEK izvedla projekt modernizacije in razširitve sistema hladilnih stolpov, ki je bil zaključen leta 2008. Z izbranimi tehničnimi rešitvami je bil izboljšan hladilni sistem terciarnega kroga NEK in zgrajene so bile dodatne štiri hladilne celice. Pred modernizacijo in razširitvijo sistema hladilnih stolpov je NEK leta 2003 zaradi okoljskih omejitev poveznih z reko Savo 93 dni delovala z znižano močjo.
Letošnjega junija je NEK proizvedla 509 693,87 MWh bruto električne energije na izhodu generatorja oziroma je oddala v elektroenergetsko omrežje 481 463,73 MWh električne energije.